Questa chiesa è ricordata dalla pellegrina Egeria (381-384) e negli Annali di Eutichio (sec. X). Fu detta anche chiesa “degli apostoli”; infatti si volle associare in essa il ricordo dell’Ascensione e quello della grotta nella quale, secondo una tradizione, Gesù si recava con gli apostoli per istruirli e insegnare loro a pregare. Tradizione che si basa sul fatto che Luca nel suo vangelo (11,1-4) riferisce l’insegnamento del Pater subito dopo la visita di Gesù a Betania alle sorelle di Lazzaro (Lc 10,38-42). Il luogo venne anche denominato “grotta degli insegnamenti”.

La grotta degli insegnamenti entrò nella liturgia ufficiale di Gerusalemme. Racconta infatti Egeria di aver partecipato ai pellegrinaggi che si compivano all’Eleona la Domenica delle Palme, il Martedì e il Giovedì santo, nei pomeriggi dell’ottava di Pasqua, il giorno della Pentecoste e nel terzo giorno dell’anniversario della dedicazione del Santo Sepolcro. Erano previste anche visite e preghiere sul luogo dell’Ascensione. La pellegrina descrive minuziosamente tutte le cerimonie che si compivano. Secondo un lezionario armeno a questa grotta era legato anche un ricordo degli apostoli.

Nel sec. XIV si diffuse la credenza che in una grotta del Monte degli Ulivi gli apostoli avessero composto il Simbolo o Credo detto appunto Simbolo apostolico. Ma, a quanto pare, questa ipotesi non avrebbe alcun valore. Non ci sono notizie sicure, ma si può ragionevolmente pensare che la chiesa dell’Eleona sia stata distrutta, come tante altre, dai Persiani (614).

Tuttavia i cristiani, approfittando della tregua tra Federico II e il Sultano d’Egitto (1229-1244) rioccuparono il luogo e provvidero al restauro della chiesa. Negli scavi condotti negli anni 1910-1911 non si trovò quasi nulla dell’edificio medievale, salvo qualche pietra scolpita e, forse, le pietre tombali di due fratelli, uno vescovo e l’altro ammiraglio, che lo fecero costruire a loro spese.

A partire dal 1856 Aurelia Bossi, principessa de la Tour d’Auvergne, acquistò il terreno e le rovine dell’antico santuario; nel 1910-11 si iniziò a scavare ma senza grandi risultati: pur avendo rinvenuto materiali dell’epoca costantiniana, restava ben poco dell’antico santuario. Tuttavia fu ritrovata una grotta, con una piccola abside e dei graffiti che dimostravano che era stata venerata. A fianco di questa grotta vi era una camera funeraria, con porta in pietra, e si rintracciarono altri elementi del periodo bizantino, con resti di mosaici. La principessa costruì anche un convento per le Suore Carmelitane. Intorno alle pareti del chiostro – modellato sul celebre camposanto di Pisa – sono poste delle maioliche con il Pater Noster in moltissime lingue.